Hệ vi sinh đóng môt vai trò rất quan trọng ở đường tiêu hóa. Ở đại tràng có khoảng 400 – 500 loại vi khuẩn khác nhau. Chúng ngoài việc tham gia vào khâu cuối cùng của quá trình tiêu hóa còn đảm nhiệm chức năng bảo vệ đại tràng.

Tuy nhiên trong cuộc sống hàng ngày, động vật có thể vô tình sử dụng đồ ăn, nước uống bị nhiễm khuẩn, hóa chất độc hại như thuốc trừ sâu, chất bảo quản, hóa chất độc hại... Tất cả các nguyên nhân đó dẫn tới hệ tiêu hóa của vật nuôi bị rối loạn với các biểu hiện như: táo bón, tiêu chảy, … Các biểu hiện trên nếu không được quan tâm và xử lý tốt sẽ dẫn tới các bệnh về tiêu hóa như viêm ruột, viêm đại tràng, đau dạ dày, khiến động vật khó chịu, gây mệt mỏi, gầy yếu, nguy hiểm đến tính mạng.

Ngay từ thế kỷ 18, các nhà khoa học Pháp đã phát hiện ra rằng trong hệ tiêu hóa động vật tồn tại 2 dạng vi sinh vật có lợi và có hại:
Các chủng vi sinh vật có hại sẽ làm hệ tiêu hóa của động vật bị bệnh như tiêu chảy, đau và ung thư dạ dày,…
Các chủng vi sinh vật có lợi sống cộng sinh trong hệ tiêu hóa (chủ yếu tại ruột non) sản sinh ra các Enzym giúp cho các thức ăn được tiêu hóa, đồng thời nó cạnh tranh môi trường sống của vi sinh vật có hại, giúp cơ thể chống lại các vi sinh vật có hại. Các vi khuẩn này có nhiệm vụ biến đổi chất xơ thực thẩm, thức ăn chưa tiêu hóa hết ở ruột non thành acid lactic, acetic, butyric, hàng loạt vitamin, axit amin, men, hocmon và các chất dinh dưỡng quan trọng khác. Nó cũng sinh ra các khí như NH₃, CO₂, H₂S… Quá trình biến đổi đó gọi chung là quá trình lên men, và nhờ đó, thức ăn được tiêu hóa hoàn toàn.

Hiện nay người ta mới phân lật các chủng vi sinh vật có lợi này, tạo thành các chế phẩm để hỗ trợ, cân bằng hệ vi sinh vật đường ruột. Các chế phẩ này chính là sự trợ giúp kỳ diệu với các rối loạn tiêu hóa. Nó làm cân bằng và tăng sức mạnh của hệ tiêu hóa và hầu như không gây tác dụng phụ.

Sản phẩm với sự vượt trội của chủng vi khuẩn có lợi B. subtilis là lợi khuẩn tự nhiên có trong hệ vi khuẩn đường ruột hiện nay.
B.subtilis bền vững ở nhiệt độ cao (lên tới 800^oC), chính vì vậy lợi khuẩn này không bị tác động khi được bổ sung vào các thức ăn hàng ngày. B. subtilis được sử dụng trong men vi sinh hỗ trợ tiêu hóa nhờ khả năng phân tán nhanh trong hệ tiêu hóa cũng như có khả năng chịu đựng các điều kiện môi trường yếm khí khắc nghiệt, môi trường acid (pH 3-4) trong hệ tiêu hóa của động vật.
B.subtilis ban đầu ở trạng thái bào tử, khi uống vào dạ dày nó không bị acid cũng như các men tiêu hóa ở dịch vị phá hủy. Nhờ vậy, bào tử có thể qua rào chắn tiêu hóa, vào đến ruột non.
Trong đường ruột, các bào tử nảy mầm và phát triển thành thể hoạt động (vi khuẩn), ức chế sinh trưởng hoặc tiêu diệt một số vi sinh vật, vi khuẩn gây bệnh đường tiêu hóa khác để tìm kiếm dinh dưỡng. Đây là lý do B. subtilis có thể giúp cân bằng hệ vi sinh có ích trong đường ruột, cải thiện hệ thống tiêu hóa.

Công ty CPKT Sao Mai hiện đã sản xuất sản phẩm men tiêu hóa Probi Livest-1 dành cho gia súc-gia cầm, và Probi Aquatic-1 dành cho thủy sản. Các sản phẩm men tiêu hóa này đều có bổ sung chủng vi sinh vật hữu ích Bacillus Subtilis.